Kujawsko - Pomorskie Centrum Edukacji Nauczycieli w Toruniu funkcjonuje jako jednostka budżetowa finansowana z budżetu Samorządu Województwa Kujawsko - Pomorskiego.
Organem prowadzącym dla Kujawsko-Pomorskiego Centrum Edukacji Nauczycieli w Toruniu jest Samorząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego.