Jednostki organizacyjne realizujące zadania podstawowe
- Pracownia Ewaluacji Doskonalenia i Pomiaru Dydaktycznego
- Pracownia Doradztwa Metodycznego
- Pracownia Integracji Europejskiej I Awansu Zawodowego Nauczycieli
- Pracownia Przedmiotów Humanistycznych
- Pracownia Przedmiotów Przyrodniczych
- Pracownia Przedmiotów Matematyczno - fizycznych
- Pracownia Przedmiotów Zawodowych
- Pracownia Edukacji Informatycznej
- Pracownia Promocji Zdrowia
- Pracownia Doskonalenia Pracy Wychowawczej Szkoły i Edukacji Elementarnej
- Pracownia Informacji, Promocji I Wydawnictw
Jednostki organizacyjne prowadzące działalność pomocniczą
- sekretariat
- dział finansowy
- dział gospodarczy
Zespół Redakcyjny "45 Minut. Toruński Przegląd Oświatowy"
